Sinh vật phù du

Động vật phù du ở sông Hudson rất phong phú, có mặt ở cả vùng nước ngọt và nước mặn, và cung cấp nguồn thức ăn quan trọng cho ấu trùng và cá con.[20]

Động vật không xương sống

Vùng đáy hồ chứa các loài sinh vật có khả năng sinh sống trong các môi trường đáy mềm. Các vùng nước ngọt là nơi trú ngụ của các loài động vật bao gồm ấu trùng ruồi Chironomidae, giun Oligochaeta, ấu trùng ruồi săn mồi và các loài trong bộ Giáp xác chân hai loại. Trong khi đó, các vùng nước mặn thì có nhiều các loài giun Ngành Polychaete, động vật chân đốt và một số loài nhuyễn thể như trai. Những loài sinh vật này đào hang trong lớp trầm tích và giúp đẩy nhanh quá trình phân hủy chất hữu cơ. Cua xanh Đại Tây Dương là một trong những động vật không xương sống có kích thước lớn hơn. Phạm vi sinh sống của chúng giới hạn ở phía bắc.[20]

Toàn bộ Hudson từng trở nên đông đúc hơn rất nhiều với các loài thân mềm hai mảnh vỏ ăn huyền phù bản địa. Trai nước ngọt rất phổ biến ở vùng nước nông (limnetic zone), nhưng quần thể của chúng đã giảm trong nhiều thập kỷ, có thể do môi trường sống bị thay đổi và do bị vẹm ngựa vằn xâm lấn. Các mảng hàu từng tràn lan ở vùng nước mặn, nhưng hiện đã giảm bớt do ô nhiễm và khai thác.[20]

Cá

Theo Chương trình Cửa sông Hudson NYSDEC, người ta tìm thấy trên sông Hudson có khoảng 220 loài cá, trong đó có 173 loài bản địa.[21] Đánh bắt cá với mục đích thương mại từng rất phổ biến, tuy nhiên hầu hết hình thức đánh bắt đã ngừng hoạt động vào năm 1976 do ô nhiễm; tuy nhiên một số ít hình thức vẫn còn tồn tại cho đến ngày nay. Cá trích mình dày Mỹ là loài cá vây tay duy nhất được cho phép khai thác vì lợi nhuận, nhưng với số lượng hạn chế.[20]